Cuando Minato Narumiya comienza como estudiante en la Preparatoria Prefectural Kazemai no tarda en recibir una invitación para formar parte del club de arquería vía el profesor Tommy, quien quiere resucitar el antiguo club. Dos amigos de Minato, Seiya Takehaya y Ryohei Yamanouchi, quienes practicaron la arquería anteriormente, no dudan en unirse al club, pero Minato no lo tiene tan claro. No tomará una decisión hasta que conozca a Nanao Kisaragi y Kaito Onogi, los otros dos miembros del club.
La historia se traslada a dos pequeñas aldeas shinobi en la era Keichou, exactamente en 1614 d.C, y narra la rivalidad de dos clanes enfrentados durante más de 400 años (según el manga, cap. 1, se dice que durante mil años) por el odio entre las familias. Según el capítulo uno del manga "En sus orígenes los dos clanes ninja, ambos clanes eran de la misma tribu". Los actuales representantes, Kouga Danjo de Kouga (simbolizando su clan por una serpiente) y Ogen de Iga (simbolizada en su clan por un halcón) no consiguieron fraguar su amor y resolver definitivamente esta rivalidad por lo que intentan conseguir que sus sucesores Gennosuke y Oboro cumplan su amor y puedan acabar con este enfrentamiento sin sentido; pero donde hay amor habrá muerte y sus planes se ven estropeados cuando Ieyasu, el actual Shogun, decide usar ambas aldeas como herramientas en una competencia a muerte para decidir quién de sus dos nietos heredará el shogunado...
Brandon Heat es un pandillero de los suburbios de la ciudad, el junto con sus amigos se ven emvueltos en una disputa en la que solo sobreviven él y su mejor amigo Harry McDowel; tras ser salvados por miembros de un sindicato de la mafia deciden unirse a este. Escalando posciones rapidamente, Brandon y Harry se convierten en miembros muy importantes, sin embargo Harry cegado por su ambicion le dispara a su mejor amigo causandole la muerte, o por lo menos eso cree él. Ahora Brandon vuelve de entre los muertos buscando venganza.
Un día, una ciudad es completamente aniquilada. Yuki es una mujer joven que, supuestamente, es la única superviviente de dicha ciudad tras la aniquilación. Por su parte, Takuya es un mensajero solitario. Juntos, de la mano de la carta que deja el padre de Yuki, se dirigen hacia la ciudad, ahora conocida como "Lost", y en su camino se enfrentarán a obstáculos inesperados. Los pensamientos sobre aquellos que se perdieron en el pasado, organizaciones secretas y misteriosas, así como conspiraciones, aguardan a Yuki y Takuya a medida que se acercan a descubrir el misterio que se esconde tras "Lost".
Daigo es hijo de Goro Shigeno, un beisbolista muy famoso que llegó a jugar en Estados Unidos. Él también quiere jugar béisbol, pero su apellido tiene un gran peso.
Kai y Shuhei son dos chicos muy diferentes que tienen un punto en común: la música. Mientras que Kai es hijo de una prostituta y aprendió a tocar con un piano abandonado en un bosque cerca de su casa, Shuhei es hijo de dos prestigiosos pianistas. Cuando los dos chicos se conozcan, surgirá una peculiar amistad y el camino de Kai por perfeccionar su técnica con el piano.
Desde la muerte de su abuelo, Setsu abandonó la escuela preparatoria, se mudó a Tokio y ha estado a la deriva, sin saber qué hacer además de tocar su Shamisen. Ahí es cuando su exitosa y rica madre, Umeko, irrumpe en su vida e intenta darle forma a Setsu. Ella lo inscribe de nuevo en la escuela preparatoria, pero Setsu no sabe que está a punto de redescubrir su pasión por Shamisen.
La historia gira en torno a Hiraga Josef Kou, un genio científico, y Robert Nicholas, experto en criptoanálisis y archivos. Ambos trabajan juntos y son conocidos como los “investigadores de milagros” del Vaticano, viajando por todo el mundo para investigar la autenticidad de los supuestos milagros que ocurren.