La historia se encuentra en un colonizado Marte, en algún punto indeterminado en el futuro. La mayoría de la población humana se divide en un número pequeño de abombado ciudad-estado. Los que viven fuera de las cúpulas (domos) en los duros páramos del planeta que se conoce como Barbaroi. Los recursos son escasos, y los suministros se dividen entre ciudades sobre la base del resultado de las batallas entre gladiadores representante de cada uno de los combatientes. Agregando a los problemas de los colonos, los niños no han nacido en Marte durante una década. La causa de la inferitilidad se desconoce, pero las personas han recurrido a robots llamados “Dolls” (Muñecas) como un sustituto de la presencia de los niños en sus vidas. Y una luna roja, la luna de la Tierra, se cierne sobre Marte, señala hacia el planeta rojo después de la destrucción de la Tierra y estragos con tormentas lunares causados por fluctuaciones gravitacionales entre Marte y su satélite no deseadas.
Kuchii Jinzaburou es un samurái que, junto a otro guerreros, tratará de defender Japón impidiendo la primera invasión del Imperio Mongol en 1274.
Tras descubrir que su orfanato estaba a punto de cerrar debido a problemas financieros, Finn, que vive en las calles, se dirige a un casino con la intención de hacer una fortuna. Sin embargo, Finn no esperaba que allí viviría una pesadilla con un tiroteo provocado por una misteriosa carta que proporcionaba una suerte sobrenatural a un hombre. Finn no tarda en descubrir la existencia de 52 Naipes especiales que otorgan diferentes habilidades especiales a quienes las poseen. Además, hay un grupo de Players llamado High Card a quienes el rey de Fourland ha ordenado que reúnan todos los Naipes. Finn recibirá una invitación para convertirse en el quinto miembro de High Card. Este es el inicio de una batalla en la que los Players luchan por la justicia, el deseo y la venganza.
Esperanza, deseo, avaricia. Chicas con estos sentimientos en sus corazones se ven arrastradas al vórtice de un peligroso juego. WIXOSS es un juego de cartas muy popular, especialmente entre estudiantes de secundaria. Pero pocos conocen la Carta LRIG, “la carta de las chicas que poseen voluntad”. Solo ciertas chicas especiales pueden escuchar la voz de LRIG, y aquellas que poseen esta carta son llamadas “selectors”.
La corona de Inglaterra ha sido muy disputada a lo largo de la historia, y en la Edad Media, una serie de grandes guerras civiles se conoce como la Guerra de las Rosas. Reclamando su derecho al trono, el duque de York intenta desbancar al rey Enrique VI y a su heredero para convertirse él mismo en rey. En un día oscuro y lleno de malos presagios, el duque consigue un hijo: Ricardo Plantagenet, el tercero de su nombre. Sin ser varón ni mujer, sino con características de ambos sexos, Ricardo III es inmediatamente odiado por su madre. El odio de ésta define su infancia, provocando un profundo asco hacia su propio cuerpo y una reacción adversa al ser llamado demonio. Ricardo crece atormentado por las visiones de la antigua enemiga de Inglaterra, Juana de Arco, que se mofa de que traerá la ruina a todos los que le conocen. Cree que puede alcanzar la salvación ayudando a su padre a cumplir su destino de convertirse en rey. Sin embargo, maldecido por las expectativas de su madre y de Juana, ¿las acciones de Ricardo arrastrarán a su familia a la oscuridad?
Noel es nieto del legendario Seeker Overdeath y sueña con superar su fuerza, pero resulta que Noel no es más que un Talker, la clase más débil de todas. Sin dejarse desanimar, utiliza su lengua de plata para reunir aliados, desarrollar astutas estrategias y fundar el mayor clan del mundo. Ahora, como el más famoso de los Talkers, Noel hará lo que sea necesario para alcanzar la cima.
Aunque la paz finalmente ha regresado a Ikebukuro, muchas de las ocurrencias extrañas se han convertido en puntos de interés comunes alrededor de la ciudad. Uno de esos casos es la búsqueda constante de la policía de Celty Sturluson, el jinete sin cabeza. Además, alguien le ha dado una gran recompensa, encendiendo la motivación de los miembros de las pandillas para comenzar a buscar a la criatura sobrenatural también. Mientras tanto, Aoba Kuronuma se aproxima a Mikado Ryuugamine, un misterioso estudiante de tercer año con intenciones desconocidas, quien revela que conoce la verdadera identidad de Mikado. Pero el estado de tranquilidad de Ikebukuro es efímero, ya que aparece una nueva amenaza en la forma de un asesino que se conoce con el seudónimo de “Hollywood”, conocido por usar una máscara diferente cada vez que comete un crimen. A medida que los diversos eventos que se llevan a cabo demuestran estar conectados una vez más, Ikebukuro se ve envuelto en otro conflicto que amenaza con sumergir a toda la ciudad en el caos.
Diez años después de los sucesos en MSLNA's, Hayate, Nanoha y Fate trabajan para el Buro de Administración Tiempo-Espacio. El sueño de Hayate es crear su propia división para ayudar en todo tipo de desastres, incluyendo los que tiene que ver con los Lost Logia. Fate y Nanoha se encargan de entrenar a sus propios aprendices, creando asi la Riot Force 6. El problema llega cuando aparecen Reliquias sin control que se interpone en el camino del Riot Force, y depende de ellos tener que lidiar con ellos, entre otras tareas.